Autoridade Tributária e Aduaneira - Alfândega do Funchal

Tenho por habito fazer algumas compra online, escolho habitualmente o ebay pela credibilidade e fiabilidade do site. Assim sendo, e por já não ser uma primeira vez, recebo uma carta por parte da alfandega do Funchal, com a parte das observações sublinhada a marcador (favor comparecer nos serviços), ignoro a observação e envio todos os documentos requeridos na mesma, factura e numero de contribuinte. Passados alguns minutos, recebo um email da mesma entidade a pedir a minha comparência, ignorando os documentos enviados. Explico que é me difícil lá comparecer, visto trabalhar no sector publico (8-16h), serviço este já com carências de pessoal e que apenas folgo aos fins de semana,e ainda que por a mesma entidade ter um horário pouco flexível, é me mais impossível tal feito. A resposta a toda a minha justificação, é, passamos justificação para entregar à entidade patronal.
A minha questão é se à o mesmo tratamento em todas as alfândegas de Portugal Continental, ou se a do Funchal é especial. Visto que, é quase mandatário termos que lá ir para entregar a factura e o contribuinte. Posto isto questiono, qual o motivo?