Autoridade Tributária e Aduaneira - Submissão de IRS saltou do sistema

Fiz submissão do IRS no dia 3 de Maio, às 02:23. Consultado o portal nos dias imediatamente a seguir tinha a informação de que a minha submissão aguardava validação.
No dia 6 de Junho ao consultar o portal das finanças, para perceber como estaria o reembolso do IRS, apercebo-me que o IRS não estava submetido.
Ligo para o apoio e sou informado que a minha submissão havia saído do sistema, e que teria de fazer uma nova submissão. É feita no dia seguinte.
A versão do programa pelo qual havia submetido no dia 3 de Maio (2016.2.1) já estava caducada e fiz a actualização para a versão (2016.2.7.0150), conseguindo no entanto submeter o mesmo ficheiro que havia submetido no dia 3 por estar gravado.
Passado quase um mês, no dia 3 de Julho recebo um mail da autoridade Tributária de que a declaração estava com erros. " Opção de regime de tributação não permitido". Isto é, a submissão é considerada fora de prazo, e pelo código a tributação já não pode ser conjunta, terá de ser em separado.
Ligo de novo para os serviços de apoio, e após explicada toda a situação, sou informado que os dados introduzidos no dia 3 de Maio, não foram uma submissão... somente uma iniciação.
No programa da autoridade, não vejo em lado algum a introdução de dados parciais, só existe o link de submissão que é feito depois de ter validado todas as inserções. O que fiz no dia 3 de Maio, foi o que fiz no dia 7 de Junho e em todos os anos transactos.
Este erro no sistema está-me a penalizar em mais de 2000 euros no valor de reembolso do IRS caso seja obrigado a aplicar a tributação em separado.